Con este club se proclama campeón de la Copa de Rusia en 2002. Al año siguiente conquista el campeonato liguero. La jornada siguiente, el Granada golea a Osasuna en los Cármenes por 3-0 con goles de Youssef El-Arabi, Guilherme Siqueira y Diego Buonanotte certificando prácticamente la permanencia que se convierte en matemática en la jornada 37 al caer derrotado en Mestalla ante el Valencia CF por 1-0. Sin embargo las victorias de Málaga Club de Fútbol ante el Deportivo de La Coruña y del Real Betis ante el Zaragoza dejan al Granada por tercer año consecutivo en Primera División. En la duodécima jornada el Granada visitó el Estadio Ciutat de València en el que derrotó al Levante UD por 0-1. Tras esta victoria encadenó otra ante el Málaga CF al que derrotó por 3-1 con un hat-trick de Youssef El-Arabi. La racha se rompe en la jornada 33 al vencer el conjunto nazarí en Barcelona al RCD Español por 0-1 con gol de Nolito y encadena con una victoria más por 1-0 con un tanto de Ighalo en Granada ante el Málaga Club de Fútbol y arranca un punto valioso de Anoeta al empatar 2-2 con la Real Sociedad con un gol en el minuto 93 de Recio.
Nolito que llega desde el Benfica portugués. Ya en la jornada 38 y sin nada en juego, el Granada se despide de la temporada venciendo por 2 a 0 al Getafe CF con goles de Nolito y El-Arabi. Tras una temporada de altibajos, entre los que se contaron con la destitución de Fabri González, que fue sustituido por Abel Resino, y una importante plaga de lesiones que afectó a jugadores importantes de la plantilla rojiblanca, el Granada logró la permanencia en Primera en la última jornada de liga, a pesar de caer derrotado por 1 a 0 en el Estadio de Vallecas ante el Rayo Vallecano con un gol de Raúl Tamudo en el descuento, ya que se vio favorecido por el resultado que se produjo en El Madrigal, donde el Villarreal C.F. Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Estadio Olímpico Atatürk. En dicha eliminatoria, los rojiblancos perdieron la ida 1-0 en Guadalajara, pero lograron el ascenso remontando por 3-0 en el Nuevo Los Cármenes, ganando así por 3-1 el resultado global y logrando ese importante ascenso a la categoría de bronce del fútbol español.
La temporada para el Granada comenzó con un 1-2 en El Sadar, feudo del Osasuna. El 25 de agosto de 2017, se inaugura el Nuevo Gol Sur, ampliando la capacidad del feudo verdiblanco a 60 721 espectadores. Finalizó con el 0-0 inicial, pese a que el equipo granadino lanzó dos balones a los palos y disponiendo de un penalti pitado en el tiempo de descuento, que falló Abel Gómez pese a que el árbitro Pino Zamorano ordenó la repetición del lanzamiento por entrada extemporánea de jugadores ilicitanos en el área. Tiempo después llega a ser tercero, pero finalmente acaba la temporada quinto (cuarto en la lucha por el ascenso, sin contar al Barcelona B, que finalizó tercero y no puede ascender por ser un filial), consiguiendo plaza para los play-offs de ascenso, junto con el Elche, Celta y Valladolid. El 27 de abril de 2009 Astiazarán fue reelegido presidente tras ser la suya la única candidatura presentada.
Durante estos años, Enrique Porta jugó en el Granada, logrando ser el máximo goleador del club en Primera División hasta que Youssef El-Arabi lo superase en 2016. 34 fueron los goles que realizó Porta entre 1968 y 1975. Porta fue además el pichichi de la categoría en la temporada 1971-72 al marcar 20 goles, dos más que el canario de la UD Las Palmas, Germán Dévora. Hugo y Lalo (este último pertenecía a la plantilla del club, y Hugo era jugador del Rayo Vallecano). Sin embargo, este Granada también fue denominado como «el de los carniceros», debido a que los contrarios consideraban que los tres sudamericanos se las gastaban con excesiva dureza. En este sentido la línea Lérida-Puebla de Segur y Rodalies de Catalunya fueron transferidas a la Generalidad de Cataluña, concediendo la explotación a la propia Renfe. En la undécima jornada el Granada perdió en el Nuevo Los Cármenes ante el Atlético de Madrid por 1-2, en un partido que no estuvo exento de polémica dado que los dos goles del conjunto madrileño fueron de penalti.